Vùng viễn Đông và Tân thế giới

Lãnh thổ của Đế quốc Bồ Đào Nha vào thời kỳ cực thịnh dưới sự cai trị của John III của Bồ Đào Nha, với các phần lãnh thổ của đế quốc (màu xanh), và các điểm trao đổi thương mại(các chấm đỏ).

Đế quốc Bồ Đào Nha lúc này đã trải rộng ra khắp Á-Phi-Mỹ với sự khó kiểm soát và thậm chí là bạo lực (tranh giành chức thống đốc thuộc địa) tại các thuộc địa xa xôi như Lãnh thổ Bồ Đào Nha thuộc Ấn Độ và vùng Viễn Đông, kèm theo khoản nợ khổng lồ đè lên hoàng gia và sự thâm hụt thương mại lớn. Các nước lớn ở châu Âu, đặc biệt là Pháp và Tây Ban Nha, và Ottoman thi nhau tăng cường mở rộng lãnh thổ của mình ra ngoài và cạnh tranh với Bồ Đào Nha. Nhận ra các vấn đề này, John III thông báo toàn bộ nam giới trong độ tuổi từ 20 đến 65 buộc phải quân ngũ vào ngày 7 tháng 8, 1549.

Các thương nhân của Bồ Đào Nha cũng đã tiến tới được Trung Quốc và Nhật Bản, nhưng sự mở rộng ảnh hưởng của mình tại vùng Viễn Đông gặp phải sự canh tranh quyết liệt từ phía Thổ Osman dười thời Suleiman Đại đế, đặc biệt ở Ấn Độ khi các cuộc đột kích ở Ấn Độ ngày càng gia tăng mà một phần trong số chúng đến các toán cướp biển Thổ Nhĩ Kỳ xuất phát từ Sumatra và Aden. Tuy vậy nhưng Bồ Đào Nha vẫn mua và thiết lập thương cảng tại Macao, từ đó bắt đầu kiểm soát tuyến thương mại của vùng.Việc duy trì các thuộc địa với một lãnh thổ trải dài khiến cho chi phí ngày càng gia tăng buộc John phải từ bỏ các vùng đất thuộc Ma-rốc. Bồ Đào Nha cũng thành công trong việc đàm phán phân chia quần đảo Makulu với Tây Ban Nha,một trong những mục tiêu mà chuyến hải hành của Magellan và Elcano (sau khi Magellan mất ở Phillipin) qua Hiệp ước Zararagoza năm 1529, góp phần định hình hoàn chỉnh ranh giới thuộc địa hải ngoại hai bên sau hiệp ước Tordesilas kí những năm cuối thế kỷ 15 trước đó.

Đức Hồng y, sau này là vua Henry của Bồ Đào Nha (Tranh sơn dầu vẽ vào khoảng năm 1591)

Ở châu Âu

Ngoài các hiệp định với Tây Ban Nha về các thuộc địa trên thế giới, ở lục địa già, João còn đạt được thành công lớn thông qua các cuộc hôn nhân cận huyết với các thành viên của Hoàng tộc nhà Harsburg.Ngoài cuộc hôn nhân của mình và chị gái Isabella, con gái trưởng và cũng là đứa con thứ hai của vị vua là Maria Manuel cưới chồng là Felipe II của Tây Ban Nha cùng với nhiều cuộc hôn nhân khác. Tuy vậy, những cuộc hôn nhân trên cũng là nguyên nhân khiến cho các con của vua John không thể sống sót đến tuổi kế vị và những đứa trẻ còn sống như Sebastian, thì cũng có sức khỏe yếu ớt và cũng không thể sống lâu được.

Ngoài ra, John cũng tăng cường mối quan hệ với Lãnh thổ Giáo hoàng bằng việc giới thiệu các Pháp đình tôn giáo tại Bồ Đào Nha và ủng hộ các giáo sĩ Bồ Đào Nha tham gia Phong trào Phản Cải cách. Điều này cho phép John có thể tiến cử những người có quan hệ gần gũi với mình vào trong Giáo hội ở Rome như những người anh trai Henry và Infante Afonso vào các chức Đức Hồng y và con trai ruột Duate vào chức Tổng giám mục xứ Braga, một trong những Trung tâm công giáo lớn ở bán đảo Iberia.

Quan hệ thương mại với Anh, vùng Flanders, Nhà nước Hiệp sĩ Teuton (sau là Công quốc Phổ) và Đại công quốc Lít-va (Dưới thời của Sebastian sẽ thuộc Khối thịnh vượng chung Ba Lan và Lít-va) cũng được tăng cường.